Mittels der Gelelektrophorese lassen sich Bestandteile von Flüssigkeiten z. B. Proteine nach Molekulargewicht und anderen physikalischen Eigenschaften, z. B. Ladung aufspalten. Die Methode wird z. B. zur Auftrennung von Eiweißen im Urin verwendet. Hierdurch lässt sich die Art einer Proteinurie (Eiweißausscheidung) im Urin besser differenzieren.